结合公司特定现状，采用各职能管理部门垂直管理为主的管理模式：项目运行集中管理（包括市场营销、合同、生产作业等）、财务集中管理、资源统一、分配统一、技术质量和人力资源统一等，建立各级管理权威，使全公司对各项管理工作的认识、言行高度一致，确保公司的运行、管理步调一致。

经过3年多的准备和筹划，在内外部条件具备和成熟状态下，利用全球金融危机的“最好时机”，公司在天津静海基地召开全面融合正式运行启动大会。此次会议标志着两院将近四年的重组进入了新的阶段；标志着中汽工程公司按新的管理模式并实质性运行的正式开始。

至2009年6月底，公司一边抓好两院的基础管理、企业技术进步、经济效益保证和积累；一边准备重组的体系建设、基础设施建设。先后实施并阶段完成天津静海基地建设、洛阳迁津职工及子女就学的安置、职工住宅项目建设、长江道办公楼等基础保证措施的建设。

按照国家关于中央所属工程勘察设计单位体制改革的要求，原国家机械工业局所属8家勘察设计院进入国机集团。四院、五院同期进入。